一、冷冻疗法
利用-196℃低温的液氮，采用压冻法治疗尖锐湿疣，促进疣组织坏死脱落，本法适用于数量少、面积小的湿疣，可间隔性多次治疗，每次间隔时间为1~2周。
优点是价格便宜，怀孕了也能做，缺点是必须在医院做，会痛，可能会出现水肿，复发率比较高，12%-42%。
二、激光治疗
通常是用CO2激光，采用烧灼法治疗尖锐湿疣。本疗法最适用女性阴部、男性阴茎或肛周的湿疣。对单发或少量多发湿疣可行一次性治疗，对多发或面积大的湿疣可多次治疗，每次间隔时间2～3周。
优点是不出血，但是对医生技术要求较高，部分人会出现瘢痕、疼痛和色素沉着或色素减退。缺点是容易复发。
三、微波治疗
原理是利用微波的高频振动，使疣体内部水分蒸发，坏死脱落，特别适用于治疗疣体较大的、孤立、散在的尖锐湿疣。
清除疣体快，止血效果好，无烟尘、无刺激性气味。缺点是复发率比较高。
四、电离子和高频电刀
疣体清除率为94%-100%，复发率22%，比前面三种都要低。
但是操作也考验医生的技术，如果深度太深，也容易留疤。
五、光动力疗法
光动力适用于腔道内外，去除较小疣体，以及物理疗法去除较大疣体后的基底治疗。
优点是无损伤，可重复治疗。
缺点是太大的，比如单个疣体直径大于0.5厘米，疣体团块直径大于1厘米的，单用光动力没用，要联合其他物理疗法。
六、手术治疗
手术治疗的清除率达89%-100%，复发率19-29%
如果疣体数量少、有蒂或者大体积疣，可以在局麻下用冷刀或者电灼，还不用缝针。
如果那种巨大疣、面积广泛、长在肛周、肛内或者儿童患者，则需要全麻下手术切除。
南京优嘉病毒疣医学研究所采用纯中药国家专利配方(专利号2011101665723)治疗尖锐湿疣。该专利配方由金蜥蝎、一见消、山甲、蜈蚣等几十种动植物、矿物药组成。通过清热解毒、疏肝燥湿、软坚散结、扶正祛邪等辨证施药，能彻底将体内残余病毒排出体外，提高机体免疫力，防止尖锐湿疣复发与恶变，从而达到标本兼治的目的。