尖锐湿疣的诊断主要是临床诊断，也就是专科医生经过观察患者的临床
症状后得出的诊断，可以说95％以上的尖锐湿疣患者可以通过普通的临床观察得出诊断，而不必依靠实验室诊断。复杂而难于诊断者一般需要病理学诊断，而非普通的抽血化验检查。
尖锐湿疣在发病前有较长时间的潜伏期，可以长达3至6个月甚至一年。在潜伏期内诊断是非常困难的，只有出现疣状增殖物才可以对尖锐湿疣做出诊断。由于病原体人乳头瘤病毒只感染人体的皮肤黏膜而不进入血液，感染后也难以查出抗体，因而抽血化验是不必要的，也没有意义。一些非正规医疗单位，经常用抽血化验的方法唬人，明明患者没有任何尖锐湿疣的临床症状，却让患者出钱做抽血化验，然后煞有介事地说患了尖锐湿疣云云，患者往往深信不疑，其实是进了设定的陷阱。还有一些女性，小阴唇上出现大小一致的鱼卵状丘疹或排列规则的绒毛状增生物，这在临床上称为女性假性湿疣，是一种生理上的发育变异，也可能与慢性炎症刺激有关，总之与尖锐湿疣毫不相干，也肯定与人乳头瘤病毒感染无关。但经常有患者被误诊为尖锐湿疣，到处求医，给自己背上性病的包袱。为避免出现这些情况，最好的办法是去正规医院找专业的皮肤科医生做正确诊断。