流行病学资料表明，尖锐湿疣与生殖器癌之间有着密切的关系。有报告5%～10%的外阴、宫颈和肛周的尖锐湿疣经过一段时期后可出现变化和发展为原位癌或浸润癌。还发现15%阴茎癌、5%女性外阴癌是在原尖锐湿疣的基础上发生的。许多实验室研究也进一步表明，HPV、尖锐湿疣和生殖器癌三者之间存在着因果关系。据世界22个国家收集的约1000例侵袭性子宫颈肿瘤的研究中，发现93%可检测出HPV，这个比例是相当高的。
南京优嘉病毒疣医学研究所表示，HPV引起的乳头瘤初期为良性，少数病变可进展为发育不良和肿瘤，这种情况仅见于高危型或癌相关型，并受遗传、环境等因素的影响。