疫苗在一般人群中的安全性已得到充分确认。截至目前为止，接种HPV疫苗的次数已超过57,000,000，尚未发现使用疫苗可导致严重并发症。

　　

　　接种后常见的不良反应包括疼痛、肌肉紧张、局部水肿、包块、局部皮肤发红、头痛、发热、恶心、头晕、呕吐。部分患者在接种时会发生晕厥，因此，可考虑平卧接种，并在注射后留观15分钟。如果患者接种后的不良反应表现符合超敏反应，后续接种需要慎重或终止。

　　

　　南京优嘉病毒疣医学研究所提醒：四大指南均不建议接种前检测女性是否妊娠，但仍建议在接种期间避孕，如果发现妊娠应停止后续接种，直至分娩后再继续完成接种。哺乳期接种HPV疫苗对于母婴都是安全的。